Σύμφωνα με το σύστημα που ακολουθείται στα Γενικά Αρχεία του Κράτους, κάθε αρχείο μετά την εγγραφή του στο βιβλίο εισαγωγής εντάσσεται στην ομάδα αρχείων στην οποία ανήκει (Ειδικό Ευρετήριο). Η ομαδοποίηση γίνεται με δελτία και είναι θεωρητική και όχι φυσική.

Συγκεκριμένα στα Αρχεία Ν. Χαλκιδικής υπάρχουν τα εξής αρχεία:

Συνοπτική λίστα
Αναλυτική λίστα